异基因造血干细胞移植（Allogeneic hematopoietic stem cell transplant，HSCT）治疗的过程中必然要使用抗生素，用于预防或减少感染。抗生素的使用的是必须的，但是它会删掉肠道菌群并且增加并发症的风险（全身感染、移植物抗宿主病）甚至导致死亡。病人对疾病的敏感性增加，这驱使研究人员尝试使用auto-FMT来逆转抗生素导致的肠道菌群失衡，该研究招募了25个病人，使用了抗生素之后，分成2组，一组14个病人接受了自体粪菌移植，另外一组11个人作为对照，对这25个病人的肠道菌群多样性进行了追踪研究。